בראש חיל הים ניצב מפקד בדרגת אלוף ולו כפופים ארבעה ראשי מספנים: ראש מספן ים - שהינו גם סגן מפקד חיל הים, ראש מספן ציוד, ראש מספן מודיעין וראש מספן כח-אדם.
חיל הים מציע שלושה מסלולי התנדבות, ולכל אחד מהם קורס נפרד. לכל מסלולי ההתנדבות קודמת סדרת מיון. תכנית זו כוללת מסלולי התמחות אשר בהמשכם מסלולי פיקוד בכירים. בתכנית משולבים לימודים אקדמיים, המותנים בחתימת קבע נוספת.
משימות חיל הים במערכת סיני התבטאו בעיקר בסיוע לכיבוש רפיח. תותחי ספינות השייטת הפגיזו מטרות ברצועה, וכן סייעו לחטיבה 9, שהתקדמה בציר החוף מאילת לשארם, על ידי הנחתת טנקים, ואספקת דלק, תחמושת ומזון בדרך הים.
במלחמת ששת הימים עמד חיל הים בתקופת מעבר, עת עסק באימונים ובהכנות לקליטת ספינות הטילים הראשונות, שבנייתן עמדה להסתיים במספנות "אמיו", שבשרבורג - צרפת. חיל הים הפעיל את הכלים המיושנים שברשותו בהגנת חופי ישראל ובפעילות מנע, וכן במבצעים התקפיים נגד ציי האויב ובסיסיהם.
עם תום מלחמת ששת הימים, לא שקטו הגבולות החדשים. מדינות ערב התקשו להשלים עם התבוסה. בעקבות סדרה של תקריות אש נכנס חיל הים לשגרה של סיורים והפלגות, להבטחת הריבונות לאורך החופים.
